از ابتدای شیوع کرونا در ایران، مهرآفرین فعالیت‌های داوطلبانه خود را برای مهار این ویروس در کل کشور آغاز کرد.
به گفته مصطفی کاشانی مدیر اجرایی مهرآفرین ابتدا یک دوره‌ آموزشی در مورد پیشگیری از کرونا توسط سازمان هلال احمر برای پرسنل مهرآفرین و نیروهای داوطلب برگزار شد تا به اطلاعات صحیح و کافی در این زمینه مجهز شوند:"سپس
مددکاران از طریق تماس‌های تلفنی این آموزش‌ها را به مددجویان موسسه منتقل کردند، یعنی راه‌های پیشگیری از آلودگی و نحوه ضدعفونی کردن دست‌ها و سایر سطوح را برای آن‌ها توضیح دادند."
در ادامه و در طرح مشترکی با همکاری چند NGO و هلال احمر در منطقه هرندی تهران، نیروهای داوطلب مهرآفرین همراه مددکاران و پرسنل که آنها نیز به صورت داوطلبانه به این طرح پیوسته بودند، پلاک به پلاک و خانه به خانه مراجعه کردند و به افراد آموزش دادند و پک‌های بهداشتی در اختیارشان گذاشتند. مدیر اجرایی مهرآفرین اضافه می‌کند:" در این مرحله تیم مهرآفرین حدود سه هزار بسته بهداشتی شامل مایع دستشویی، مایع ظرفشویی، مایع چند منظوره، شامپو، صابون، ماسک قابل شستشو و مایع ضدعفونی کننده دست میان خانواده‌های تحت پوشش خود توزیع کرد."
اما فعالیت‌های مهرآفرین به همینجا محدود نشد بلکه از اواخر اسفند ماه تیم‌ سی نفره‌ای متشکل از داوطلبان، شبانه در محله‌های مختلف تهران با لباس‌های مخصوص و سمپاش‌ و سایر تجهیزات حاضر می‌شوند و معابر عمومی، صندلی پارک‌ها، عابربانک‌ها و خودروهای مردم را ضدعفونی می‌کنند تا امکان تماس افراد با سطوح آلوده و در نتیجه شیوع بیماری کمتر شود.
ضدعفونی کردن معابر در استان بوشهر نیز توسط شعبه مهرآفرین بوشهر در سطح وسیع و با کمک داوطلبان انجام شد.
کاشانی درباره دیگر اقدامات مهرآفرین می‌گوید:"با همکاری هلال‌احمر مهرآفرین به عنوان معینِ بیمارستان‌های زعیم و رباط کریم در نظر گرفته شده که فعلا هزار عدد ماسک برای بیمارستان زعیم پاکدشت فرستاده‌ایم و برای آینده نیز برنامه‌هایی داریم."
اقدام سوم مهرآفرین در بحران کرونا حمایت از خانواده‌های بازماندگان جان باختگان کروناست:" هم اکنون مددکاران و داوطلبان مهرآفرین در حال پایش اطلاعات مردمی رسیده در این زمینه هستند. ما وضعیت خانواده بیماران بی‌بضاعت را از طریق تحقیقات میدانی و حضور در محل بررسی می‌کنیم و خانواده‌هایی را که در اثر کرونا سرپرست خود را از دست داده‌اند تحت پوشش قرار می‌دهیم. این افراد در حال حاضر خیلی مهجور هستند چرا که دوست و آشنا از آنها دوری می‌کنند و راهی هم برای کسب درآمد ندارند."